در نظام ملی نوآوری، سیاستگذاری نیازمند فرایندی است که توانایی لازم برای تدوین و اجرای سیاستها را داشته باشد. به منظور ترسیم تصویر کلان از وضعیت سیاستگذاری نظام ملی نوآوری لازم است تا فرایند سیاستگذاری از طراحی تا اجرا و نیز سیستم نظارت و ارزیابی مورد تحلیل قرار گیرد. در این مقاله فرایند سیاستگذاری در نظام ملی نوآوری ایران با استفاده از چارچوب نگاشت نهادی مورد بررسی قرار گرفته است. ابتدا با مرور ادبیات موضوع و مطالعه و بررسی اسناد موجود و مصاحبه با خبرگان، این فرایند شناسایی و عارضههای موجود در آن استخراج شد. سپس عارضههای به دست آمده با توزیع پرسشنامه در میان کارشناسان این حوزه، از طریق طیف پنج گزینهای لیکرت، اعتبارسنجی و اولویتبندی شد. براساس یافتههای تحقیق مهمترین عارضههایموجود در فرایند سیاستگذاری نظام ملی نوآوری ایران مربوط به سیستم نظارت و ارزیابی است و در نهایت راهکارهایی برای اصلاح سیستم نظارت و ارزیابی پیشنهاد شده است.